整理知識與專案
卡片與白板增多之後，仍需要保持結構清楚。建議採用兩層白板：第一層放置專案、主題、生活等母白板，第二層為各項具體內容建立子白板，筆記主要記在第二層。第二層卡片尚未超過約一百張時，先用分組整理，暫不增加第三層。知識與想法放在白板中；會議記錄、文獻條目等歸檔記錄，可使用標籤與屬性。
用白板建立層級
白板用於對所關注的主題建立結構，也可像資料夾一樣容納筆記，並在其中巢狀子白板。在母白板的空白處新建白板，即可建立下一層。從左側邊欄開啟「白板」，可檢視全部白板；側邊欄下部的白板列表會把巢狀白板縮排顯示在父白板之下。
開始使用時，可先建立三塊母白板，再在其中為每一項建立子白板：
- 專案。管理正在推進或參與的重要專案，每個專案一塊子白板。
- 主題。管理正在學習或研究的主題，例如人工智慧、商業案例、經濟學、電磁學。質量較好的資料可先放入對應主題的子白板。
- 生活。管理個人生活中的不同方面，例如理財、運動、旅行、電影與年度回顧。
若經常讀書、上課，或持續關注某些作者與講者，可再增加母白板：
- 書籍。每本書一塊子白板，集中該書的閱讀筆記。
- 課程。每門課程一塊子白板。
- 思想領袖。每位作者或講者一塊子白板。
同一份資料可能同時屬於書籍與主題。若打算精讀並在日後拆開、展開，放入「書籍」下對應的子白板。若只是略讀並留下可供查閱的材料，放入「主題」下對應的子白板。一張卡片可以同時出現在多塊白板中，正文只儲存一份。因此，精讀筆記在需要時也可放入相關主題白板。
上述劃分可根據實際工作調整。學術研究可增加「論文」母白板，為每篇正在撰寫的論文建立子白板。經營公司可增加「公司」母白板，再按產品研究、使用者研究、增長、招聘與財務規劃拆成子白板。
第二層子白板的卡片尚未超過約一百張時，保持兩層即可。畫布上的物件變多後，用選擇工具框選相關物件，按 Cmd/Ctrl + G，或通過右鍵建立分組。分組帶有標題。縮小畫布後，仍可通過標題辨認各區域的佈局。
當第二層白板已超過約一百張卡片，並且這些卡片已經按分組整理，再考慮把某些分組中的內容移入第三層子白板。
常用的母白板可放入左側邊欄的收藏，作為固定入口。從收藏中移除只取消入口，不刪除白板。
標籤用於歸檔記錄
知識與想法以白板整理。需要把同一類記錄做成可篩選的資料表時，使用標籤。
每個標籤可視為一張表：帶有該標籤的卡片是一行，為標籤定義的屬性是列。例如經常撰寫會議記錄時，可建立「會議記錄」標籤，並新增日期、參與者、會議型別等屬性。在標籤頁面切換到表格後，可同時檢視這些欄位。卡片較多時，可按屬性篩選，無需逐張開啟。
屬性的常用型別包括文本、數字、單選、多選、日期、核取方塊、網址、進度與關聯。同一標籤下的卡片亦可切換為列表或看板。全部標籤可從左側邊欄的「標籤」進入。在卡片上選擇已有標籤，或直接新建標籤。
因此，讀書筆記、研究筆記等知識與想法放在白板；會議記錄、文獻條目等大量歸檔記錄，再使用標籤與屬性管理。